Choroby grzybowe (mączniaki) powodują zahamowania we wzroście roślin uszkadzają kwiaty szyszki i aparat asymilacyjny. Podobnie czynią szkodniki mszyce, przędziorki (pasożyty). Aby nie dopuścić do spadku plonu i zawartości alfa-kwasów należy zabiegi ochrony wykonywać w początkowych fazach występowania patogenów. Stosować środki chemiczne dozwolone przez kupującego, przestrzegać okresu karencji, prewencji i zasad BHP. Opryski najlepiej wykonywać wieczorem lub nocą, ponieważ większość preparatów chemicznych wykazuje lepsze działanie niż o poranku niż w dzień. Ponadto zabiegi wykonywane w dzień zmniejszają na krótki okres wydajność fotosyntetyczną plantacji z powodu mechanicznej zmiany ustawienia liści przez strumień powietrza i cieczy do optymalnej absorpcji światła. Odrębnym zagadnieniem jest opuchlak lucernowiec, który w swoim trzyletnim cyklu rozwojowym ścina młode wypustki natomiast żarłoczne larwy żyją w karpie chmielu, a ślady ich żerowania i one same są niewidoczne, uszkadzając system korzeniowy mogą doprowadzić do utraty żywotności karp chmielowych. Występowanie tego szkodnika w małym nasileniu prowadzi też do obniżki plonu i pogorszenia składu chemicznego surowca chmielowego, natomiast w dużym nasileniu powoduje wypadanie karp.